Основана в 1685 году по благословению Патриарха греческими братьями Иоакимом и Софронием Лихудами. Первоначально располагалась в московском Богоявленском монастыре, затем в Заиконоспасском монастыре. В начале XVIII века значительно расширилась .
В результате реформы церковного образования в начале XIX века были созданы предпосылки для дальнейшего совершенствования академической науки. В этот период сложилась школа исследователей русской церковной истории во главе с ректором академии архимандритом Филаретом (Гумилевским; 1835-1841) и профессором протоиереем Александром Васильевичем Горским (1833-1875). В эти же годы академия была переведена из Москвы, где принадлежавшие ей помещения значительно пострадали во время пожара 1812 года, в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру (в 1814 г.).
После 1917 года академия была закрыта. Занятия были возобновлены в 1946 г. в Новодевичьем монастыре в Москве, а затем, с 1947 г., снова в Троице-Сергиевой Лавре.
Обучение очное и заочное. Срок обучения 5 лет. При МДА действуют Регентская (срок обучения — 3 года) и Иконописная (срок обучения 2-3 года) школы.
Литература:
Трофимчук М.Х. Академия у Троицы: Воспоминания о Московских духовных школах. Сергиев Посад: Свято-Троицкая Сергиева лавра, 2005. 640 с.