Киевская духовная семинария образовалась в 1817 г. 28.09.1819 г. семинария была переведена в здание, находившееся на берегу Днепра и бывшее известным под именем «бурсы». В 1832 г. семинария была помещена в зданиях бывшего греческого Петропавловского монастыря.
При семинарии для вспомоществования бедным воспитанникам существовало Петропавловское братство, поддерживаемое добровольными взносами епархиального духовенства.
Вновь открыта 18.02.1947 г. Закрыта в 1960 г.
Вновь открыта 13.09.1989 г.