18 сентября 1993 года в Харькове открыто двухгодичное Духовное Училище, которое было утверждено Священным Синодом Украинской Православной Церкви 19 октября 1993 года. 12 сентября 1996 года Харьковское Духовное Училище получило статус Семинарии.
Долгое время Харьковская Духовная Семинария размещалась в стенах воскресной школы при Свято-Петро-Павловском Храме города Харькова. А в 2000-м году была переведена на территорию Свято-Покровского монастыря в здание ранее принадлежавшее военкомату и доставшееся Церкви в довольно плачевном состоянии.