Организована в 1846 г. Создатель и устроитель Иеремия, епископ Кавказский. Закрыта декретом советской власти в 1920 г. Открыта вновь (на базе Богословско-пастрыских курсов) в ноябре 1946-1962 гг.
После войны на территории СССР стали открываться духовные школы. Однако вскоре в печати начинается пропагандистская кампания — подготовка перед закрытием семинарии. "Письма трудящихся" с требованием закрыть семинарию следуют одно за другим. В появившейся тогда книге "Святые пенаты" ректор семинарии протоиерей Михаил Рудецкий и инспектор Дмитрий Огицкий обвиняются в развращении молодежи и пьянстве.
В 1960 (1962?) году семинария была закрыта. Начался большой судебный процесс, продолжавшийся целый месяц, над бывшим экономом и бывшим ректором за якобы имевшее место в прошлом незаконное приобретение материалов на постройку помещений семинарии. Процесс был заснят на кинокамеру. Ректор семинарии Михаил Рудецкий получил три года условно, был вынужден оставить свою семью в Ставрополе и переехать в Пятигорск.
В 1988 открыто духовное училище, преобразованное в 1990 г. в духовную семинарию.
