Семинария после наступления немцев в ходе 1-ой мировой войны эвакуирована в Нижний Новгород. Только в 1926 г. Латвийское правительство разрешило Православной Церкви Латвии вновь организовать учебное заведение. Старое семинарское здание при этом не было возввращено, богатейшая библиотека была утрачена. Программа семинрии была расчитана на два года обучения. Первый выпуск во вновь открытой семинарии состоялся в октябре 1928 г.
В августе 1936 г. Синод Латвийской Православной Церкви принял решение упразднить Рижскую духовную семинарию и на ее основе открыть Богословский институт.
Семинария вновь открыта 26.04.1993 г.
