Духовная семинария основана преосвященным Платоном (Петрункевичем) в начале 1750 г. В 1788 г. вместе с перемещением епархиального архиерея в Суздаль туда же переведена была и семинария, а во Владимире остались только низшие духовные училища, а с возвращением преосвященного во Владимир в 1798 г. возвратилась и семинария. В 80-х гг. XVIII века в семинарии учился известный государственный деятель граф М.М. Сперанский. В 1901 г. в семинарии обучалось 605 воспитанников, было 23 преподавателя, в фундаментальной библиотеке было свыше 11500 названий книг, в ученической до 5000.
09.04.1998 г. определением Св. Синода Владимирское Свято-Феофановское духовное училище преобразовано в духовную семинарию.
