На заседании Св. Синода 17.02.1997 г. Финансово-хозяйственное управление было упразднено и его полномочия переданы Комиссии по экономическим и гуманитарным вопросам.
31.03.2009 г. Определением Св. Синода возрождена деятельность Финансово-хозяйственного управления Московской Патриархии.